A Hidrelétrica Santo Antônio possui um Sistema de Transposição de Peixes (STP), que é um canal que reproduz as características do rio Madeira, possibilitando que os peixes ultrapassem a barragem da usina e sigam normalmente seu curso pelo rio, garantindo a desova e a manutenção da atividade pesqueira.

Neste período de piracema, que vai de novembro a março,  aumenta a quantidade de cardumes que utilizam o STP. Já podem ser vistos dezenas de cardumes de pintado, curimba, surubim, pintadinha, piramutaba e jatuarana.

O STP da Hidrelétrica Santo Antônio funciona desde 2011 e durante todo este tempo já foram registrados mais de 60 espécies diferentes de peixes utilizando o canal, com destaque para a dourada, jaús, pirararas, caparari, filhote e muitos outros. O funcionamento do canal, que acontece de forma satisfatória, é avaliado por monitoramentos que são feitos rotineiramente pela equipe de biólogos da usina.