Mesmo aos presos mais perigosos, são garantidos direitos básicos no cumprimento da pena. Para tanto, juízes federais e estaduais devem inspecionar as unidades prisionais sob sua jurisdição ao menos uma vez por mês. O dever está previsto na Lei de Execução Penal (LEP) e na Resolução n. 47/2007 do Conselho Nacional de Justiça (CNJ).

O Brasil possui cinco presídios federais: em Brasília (DF), Porto Velho (RO), Mossoró (RN), Campo Grande (MS) e Catanduvas (PR). Atendidas as exigências legais, essas unidades recebem presos federais e estaduais, condenados ou provisórios. Em regra, abrigam líderes de facções criminosas que atuam em prisões ou que estejam sob ameaça de morte.

Não há distinção entre cumprir pena em prisão federal ou estadual. Magistrados a cargo da execução da sentença devem vistoriar o local onde o réu estiver. O juiz federal, por exemplo, vai também a carceragens da Polícia Federal. Nas visitas, pode-se permitir o acesso do Ministério Público Federal (MPF), Defensoria Pública da União (DPU) e Ordem dos Advogados do Brasil (OAB).

Presos condenados e provisórios em prisão federal têm sua situação fiscalizada por juízo federal da região, mesmo sem competência no processo. Se a presença física não for imperiosa, o juiz federal pode entrevistar os internos por vídeo. O meio, contudo, não deve ser usado mais de duas vezes seguidas. 

Após a inspeção, o magistrado deve enviar relatório à corregedoria do respectivo tribunal até o dia 5 do mês seguinte. O relato registra a situação da unidade. Os dados devem ser incluídos, ainda, no Cadastro Nacional de Inspeções nos Estabelecimentos Penais (CNIEP), mantido pelo CNJ.

Os Tribunais Regionais Federais (TRFs) são instruídos a prover a devida proteção ao transporte de seus juízes até o estabelecimento prisional. É prioritário usar carro blindado e escolta de dois agentes de segurança — armados ou não —, além de apoio da Polícia Federal ou Polícia Militar. Chegar aos locais também pode demandar viagem de avião e parte dos TRFs pede divulgação prévia da escala anual de vistorias.

Prisões federais operam com nível máximo de segurança. Se viola alguma regra, o detento se sujeita ao Regime Disciplinar Diferenciado (RDD). Nele, o punido fica isolado em uma cela de 12m² o dia inteiro — o banho de sol é por meio de um solário. Cabe ao juiz decidir sobre a adoção e renovação da medida, que pode durar até um sexto da pena.

O rigor das unidades não implica violação a direitos fundamentais ou uso de força. Por lei, o juiz deve agir de imediato para corrigir falhas e, se for o caso, apurar responsabilidades. Manter réu preso além do tempo fixado, por exemplo, enseja ação por responsabilidade civil do Estado, conforme a Constituição.